Come è stata scoperta, davvero, la variante Omicron

Da quanto è stata isolata per la prima volta in Sudafrica, la variante Omicron si è diffusa rapidamende in tutto il mondo. Eppure, la mancanza del paziente zero e i casi di contagio riscontrati in Europa, prima ancora che emergesse la variante, dimostrano che c'è ancora molto mistero intorno alla sua origine

article
Foto Unsplash | Fusion Medical Animation
newsby Giulia Martensini2 Dicembre 2021


In tutto il mondo sta crescendo l’allarme per la variante Omicron, scoperta in Sudafrica quasi un mese fa. Ma come ha avuto origine omicron e come hanno fatto gli scienziati sudafricani ad isolare la variante e far scattare la preoccupazione globale?

Tutto ha avuto inizio nei primi giorni di novembre quando i tecnici di laboratorio dei Lancet Laboratories di Pretoria, in Sudafrica, hanno trovato caratteristiche insolite nei campioni che stavano testando per il covid.

La variante emersa da un gene mancato

In sostanza, mancava un gene in quello che sarebbe stato un normale profilo del genoma del virus. I test non stavano rilevando uno dei loro obiettivi previsti: un segnale che qualcosa nel virus era cambiato.
Solo pochi giorni dopo, lo stesso fenomeno è stato segnalato al dipartimento di patologia molecolare di Lancet a Johannesburg.

Il dottor Allison Glass, patologo di Lancet, ha affermato che la scoperta ha coinciso con un aumento dei casi di Covid in alcune parti del Sudafrica.
La scoperta “ha sollevato preoccupazioni sul fatto che avremmo avuto un’altra ondata“, ha detto Glass.
Tre settimane dopo, ciò in cui si erano imbattuti gli scienziati sudafricani sarebbe stato conosciuto in tutto il mondo come la variante Omicron del coronavirus.

Il picco nel Gauteng non è passato inosservato al Network for Genomics Surveillance in South Africa. Il suo direttore, Tulio de Oliveira, ha convocato una riunione straordinaria per il 23 novembre. Come ha detto al New Yorker: “Abbiamo sentito da un membro della nostra rete che un laboratorio privato, Lancet Laboratories, aveva inviato sei genomi di un virus molto mutato. E, quando abbiamo esaminato i genomi, ci siamo preoccupati perché era stato rilevato un errore nei test“.

Il laboratorio ha rapidamente potenziato i test sui campioni nel Gauteng e ha riscontrato che la variante appariva frequentemente. Tulio ha poi osservato che in meno di due settimane la nuova variante dominava tutte le infezioni.

L’origine di Omicron è (ancora) un mistero

Non si sa ancora dove e quando sia emerso per la prima volta Omicron. Non esiste un “Paziente Zero” identificabile, una prima persona nota per essere stata infettata dalla variante.
Come ha dichiarato il direttore dei Centri africani per il controllo e la prevenzione delle malattie, John Nkengasong, “non possiamo valutare da dove abbia avuto origine“.
I primi casi sono stati riconosciuti e identificati in Botswana e successivamente in Sudafrica“, ha affermato Nkengasong. Ma ha sottolineato: “Identificare un virus, un nuovo ceppo o una nuova variante non significa che provenga da lì“. “Potrebbe benissimo essere una conseguenza di un’epidemia. Probabilmente in alcune parti dell’Africa subsahariana, dove non c’è un’enorme quantità di sorveglianza genomica in corso e il tasso di vaccinazione è basso“.

Cercare di risalire alle origini di Omicron potrebbe essere inutile se è già in circolazione da un po’.
Trevor Bedford, del Dipartimento di Epidemiologia dell’Università di Washington, ha dichiarato che “la variante Omicron è probabilmente nata molto prima di quando non si pensi, probabilmente all’inizio di ottobre“.
Una prova di questo risiede anche nelle acque reflue nell’area di Pretoria, dove già alla fine di ottobre, è stata rilevata una forte carica virale.

Non tutte le strade portano al Sudafrica

Mentre alcuni viaggiatori dell’Africa meridionale portavano sicuramente la variante, ci sono altri casi sconcertanti. Diverse persone, risultate positive a Omicron, non erano mai state in Sudafrica.  Uno riguarda una donna belga che si era recata in Egitto attraverso la Turchia. È arrivata a casa l’11 novembre ed è risultata positiva alla variante 10 giorni dopo.

Diversi casi confermati in Canada sono legati a viaggiatori provenienti dalla Nigeria. Il caso identificato in Arabia Saudita il 1° dicembre riguardava un viaggiatore del nord Africa. E un medico israeliano è risultato positivo quando è tornato a casa da una conferenza a Londra. Non era mai stato in Africa.

Infine, nessuno dei nove casi segnalati in Scozia a fine novembre aveva alle spalle una storia di viaggi. Spingendo il primo ministro scozzese Nicola Sturgeon ad affermare che il virus si era diffuso direttamente in Scozia.

Omicron è già diffuso in 4 continenti

Ora sta diventando chiaro che, comunque sia arrivata in Europa, Omicron è stata nel continente per gran parte di novembre. Nei Paesi Bassi, l’istituto sanitario RIVM ha affermato di aver trovato Omicron in campioni risalenti al 19 e 23 novembre. Più di una settimana prima che i passeggeri su un volo in arrivo da Johannesburg fossero identificati come i primi casi noti di Omicron nel Paese .

C’è ancora così tanto da scoprire sulla nuova variante del coronavirus: quanto velocemente può diffondersi, se può eludere o smussare i vaccini esistenti e quali sono i sintomi.

Per ora la variante delta rimane il ceppo dominante, rappresentando il 99,8% delle sequenze globali, secondo l’ultimo bollettino dell’OMS.

Ma le prove emergenti, sebbene preliminari, indicano che Omicron ha un vantaggio. Il mondo sta ancora facendo i conti con una nuova variante del coronavirus che si è già diffusa in quasi trenta paesi in quattro continenti.


Tag: CovidSudafricaVariante Omicron